預染marker還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員購買預染蛋白標準。值得注意的是預染蛋白Marker與染料共價耦聯，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合定位蛋白——不過多數情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白*一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，zui后都需要Western來定性，所以如果不是要區分大小相近的條帶，預染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。

 

  預染marker在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。預染蛋白分子量的出現方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率——比如，已知垂直電泳*分辨區域大約在膠的2/3處，如果使用預染Marker就可以預測目標蛋白進入*分辨區時停止電泳以得到*分辨效果;如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳;另外在Western Blot轉膜以后可以直接觀察蛋白轉膜是否*。